Program RasMol: instalacja i użytkowanie

Unix/Linux: Netscape 7.1, Mozilla 1.4

Aby mieć możliwość otwierania plików w formacie pdb za pomocą programu Rasmol bezpośrednio ze strony internetowej należy skonfigurować przeglądarkę. W tym celu należy zdefiniować aplikację pomocniczą (ang. Helper Application).
Aby tego dokonać, poprzez menu Edit/Preferences otwieramy okienko ustawiania preferencji. Odnajdujemy w nim na liście po lewej stronie pozycję Navigator, gdzie po rozwinięciu znajdujemy Helper Application. Po wybraniu tej pozycji po prawej stronie okienka preferencji odszukujemy pole File types i wybieramy klawisz New Type, gdzie jako MIME Type wpisujemy chemical/x-pdb. W polu Description wpisujemy: Pliki PDB i jako Extension wpisujemy pdb.
Później należy zaznaczyć opcję Open it with i zdefiniować aplikację, której będziemy używać do otwierania plików z rozszerzeniem pdb.
Ponieważ program Netscape w wersji 7.1 podobnie jak i Mozilla 1.4 pozwalają na zdefiniowanie tylko jednego polecenia jako aplikacji pomocniczej, wiec aby otwierać program Rasmol wraz z konsolą musimy napisać sobie prosty skrypt o nazwie xrasmol z następującą zawartością:

#!/bin/bash
xterm -e rasmol -pdb $1

Po nadaniu mu praw wykonywalności poleceniem:

chmod +x xrasmol, 

w polu Open it with należy wpisać polecenie xrasmol.

Oczywiście zakładamy, ze wszystkie powyższe polecenia (xterm, rasmol, xrasmol) będą znajdowały się w katalogach dodanych do zmiennej PATH. W przeciwnym wypadku należy podawać pełne ścieżki do programów.

Uwaga.
Nowe wersje powyższych przeglądarek same wykonują powyższe wpisy po odpowiedzi na pytanie o program, którym należy otworzyć plik w formacie pdb. Takie pytanie obok pytania o możliwość zachowania pliku pojawia się po naciśnięciu na odsyłacz do pliku pdb.

MS Windows 98 i późniejsze: Interenet Explorer i Netscape 7.1
W przypadku systemu Windows i przeglądarki Internet Explorer nie ma potrzeby wprowadzania takiej definicji. Jedynie po zapytaniu jakim programem otworzyć plik w formacie pdb należy wybrać program Raswin. W przypadku przeglądarki Netscape 7.1 dla systemów Windows, operacja definiowania wygląda tak samo, jak dla wersji Unix/Linux.